تعتبر مكتبة جامعة مدينة العلم للإمام الخالصي الكبير (قدس سره) من أكبر وأقدم المكتبات في الكاظمية في تاريخها الحديث، وقد احتوت على ما يزيد على الخمسة عشر ألف مخطوطة بعضها بخط صاحب الأثر كمخطوطة مفاتيح الشرائع في فقه الإمامية للمحدث الشيخ ملا محسن الفيض الكاشاني (طاب ثراه)، هذا إضافة إلى أضعاف هذا العدد من الكتب المطبوعة والتي صار الكثير منها نادر الوجود. صادر النظام السابق هذه المكتبة ومخطوطاتها وأغلق مكتبتها عندما سيطر وأغلق جامعة مدينة العلم في عام 1981م في خطوة لم تقدم عليها أي حكومة في تاريخ العراق ولا حتى في زمن الاحتلال البريطاني ونفي الإمام الشيخ محمد مهدي الخالصي الكبير ونجله الإمام الشيخ محمد الخالصي طاب ثراهما.

أنيط مهمة رعاية المكتبة بالراحل حجة الإسلام السيد باقر الشرفاء (طاب ثراه) فقام بعمله خير قيام رحمه الله حتى وقت إغلاقها من قبل النظام السابق.

نحاول هنا قدر استطاعتنا نقل الآثار بنسخة الكترونية وسنقوم بهذه المهمة كلما سنحت الفرصة لنا في تحويل أحد الكتب المتبقية عندنا أو التي نحصل عليها في بحثنا الدائم عن تلك الآثار إلى نسخة الكترونية لنضعها بين يدي قرائنا، ومن الله التوفيق